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破産との違い

破産は、株式会社に限られず個人でも可能です。
また、会社破産の場合、通常裁判所によって破産管財人が選ばれ、会社の管理処分権は全て（代表）取締役から管財人へ移転します（役員は失権）。
その後、破産管財人が財産調査を行い、不正行為があった場合には取消（否認）すこともあります。債務の弁済が可能な場合は、管財人による平等な配当によることになります。

これに対し、特別清算は、株式会社に限られます。
また、裁判所の監督は受けるものの、清算人（従前の取締役が就任可）が清算事務を遂行し、債務の弁済は協定あるいは和解によって柔軟な取扱いが可能です。ただし、債権（額）者の３分の２以上の賛成が必要となります。
否認制度はありません。

通常清算との違い

株式会社を終わりにすることを「解散」といいますが、解散した場合は（破産などを除いて）そのあと始末（清算）をしなければなりません（法定清算）。
この法定清算には通常清算と特別清算がありますが、特別清算は債務超過（負債額がプラスの財産額を上回る状態）などの事情があるときに行われます。
通常清算は、裁判所の監督を受けませんので特別清算より簡単な手続きになりますが、債務超過の疑いなどがあるときにはできません。この場合には、特別清算をすることが義務付けられています。